"Rogue Trooper" é um jogo de tiro cuja mecânica é praticamente similar a um em primeira pessoa, só que a visão, na verdade, é em terceira pessoa. Isso acontece porque o personagem pode fazer algumas ações, como subir obstáculos ou grudar as costas na parede como proteção, como se fosse Sam Fisher, de "Splinter Cell" ou Solid Snake, de "Metal Gear Solid".Basicamente, o game se comporta como a maioria dos títulos do gênero. Sendo assim, o personagem Rogue corre, rola no chão, atira, solta granadas e usa diversos tipos de armas. O diferencial está em algumas características do soldado azul, um ser geneticamente modificado e imune a todos os tipos de veneno já produzidos.É que em Nu-Earth, onde acontece uma guerra entre nortistas e sulistas, mais ou menos como na Guerra da Secessão norte-americana, armas químicas tornaram o planeta inabitável para os humanos, que precisam usar equipamentos especiais para sobreviver. Em desvantagem, os sulistas desenvolvem esses super-soldados conhecidos como infantaria genética, mas uma traição dizima toda a tropa e Rogue é o único sobrevivente.Quer dizer, é o único que manteve seu corpo, pois a consciência de três companheiros está confinada em chips biológicos, que ficam conectados a alguns dos equipamentos de Rogue, um desertor que busca vingança. Gunnar, por exemplo, "vive" na arma do personagem, enquanto Helm está ligado ao capacete. Já Bagman fala através da mochila.