A história deste jogo é conturbada e um tanto quanto complexa, e foi escrita basicamente para quem já jogou ou conhece os outros da série, mas mesmo assim, ainda é perfeitamente possível que você não consiga acompanhar ou entender algum trecho. Isso não é só pelo fato do jogo ter toda sua narração em inglês, mas sim por sua narração complexa, cercada de muitos eventos e que alterna muitas vezes entre o passado e o presente.

Mais uma vez o jogador encontra-se no sombrio mundo de Nosgoth, mas de um modo inédito em todos os jogos da série, podendo controlar tanto o mocinho (Raziel) quanto o bandido (Kain), em situações que vão acontecendo nos mesmos lugares em épocas diferentes, o que já é um indício de uma boa trama.
A jornada de Kain começa quando ele ataca a fortaleza dos Sarafan para confrontar o manipulador Moebius, que parece saber como os destinos de Kain e Raziel irão se cruzar e o que vai acontecer na terra de Nosgoth, uma vez que os conflitos entre eles cheguem a um fim. A jornada de Raziel inicia-se quando este se livra dos tentáculos do ser em forma de polvo chamado Elder God e sai em busca do que o seu destino lhe reserva.